1937年“八·一三”沪战爆发后不久，瞿到启东久隆镇一带开展抗日救亡工作。1938年3月，他收集民间枪支，组成了有数十人参加的抗日游击队，并将其父在启东的140余亩土地变卖以筹军饷。1938年4月9日，瞿率部在石陀港袭击由日军护送的2艘满载给养的弹药船，缴获了一批枪支、弹药及自行车等装备，震动了苏北以及上海孤岛。瞿部在战斗中逐步发展。后与启东抗日义勇军联合，瞿任副总指挥。后继任通崇启海四县抗敌指挥部独立大队大队长。